El sistema de subasta adjudica a laboratorios concretos el abastecimiento de fármacos, sistema que fue denunciado por la Asociación de Farmacéuticos de Andalucía ante la Comisión de Peticiones del Parlamento Europeo. La asociación denunciante afirma que el sistema está repleto de irregularidades que repercuten en el suministro de fármacos de baja calidad y en problemas de desabastecimientos recurrentes.

Este desabastecimiento en muchas ocasiones podía ser solventado por el cambio por otros, sin embargo, otros tantos pacientes se veían obligados a cambiar la medicación prescrita.

Tras el cambio de gobierno en Andalucía, se prevé el cambio de sistema y con ello la mejora en la situación vivida en muchas farmacias andaluzas y ceutíes.

Otra situación que ha hecho saltar las alarmas en los Colegios y Asociaciones de Farmacéuticos es la bajada del precio en los medicamentos. Este hecho, que repercute positivamente en el paciente y las arcas estatales, podría provocar que las farmacéuticas y laboratorios productores en búsqueda de mayor beneficio económico desviaran sus ventas a países donde la rentabilidad de la venta fuera mayor.